Medikal Muhasebe işlemleri, hizmet alan kişinin oluşturulan protokolü üzerinden poliklinik, cerrahi girişim ya da yatarak tedavi gibi tüm hizmetlere ek olarak, sisteme girişleri yapılan malzemelerin eksik veya fazla analizinin yapılmasını ve tüm bu işlemlerin eksiksiz bir şekilde faturalandırılmasını, hatalı işlem olması durumunda da düzeltilmesini sağlayan bir süreçtir.

Sağlık kurumlarındaki finansal performansın belirleyicisi durumunda olan Medikal Muhasebe uygulamaları, sağlık kurumlarının mali gelir gider tablosunun belirlenmesi ve döner sermaye paylaşımının yönetilmesi sürecinde sağlık kuruluşları açısından önem arz etmektedir.

Medikal Muhasebe uygulamalarında oluşabilecek risklerin ortadan kalkması için her birimin görev ve sorumluluklarını bilerek, kurallara ve süreçlere uygun davranılması; eğitimciler tarafından medikal muhasebe eğitimi verilmesi; iç kontrol sistemini benimseyen personel ile çalışılması; prosedür, görev tanımları ve iş süreçlerinin yazılı hale getirilmesi; oluşabilecek aksaklıklara zamanında çözüm bulunması; personelin motivasyonunun yüksek tutulması; sistemde aksaklığa sebebiyet verebilecek sorunlara hemen müdahale edilmesi, medikal muhasebe faturalandırma işlemleri için güncel mevzuat ve değişikliklerin sürekli takibi ve izlenmesi, evrakların tesliminde gecikme oluşmaması için kontrolün zamanında yapılması; raporların yazıldığının teyit edilmesi; hizmet veren kurumun organizasyon yapısının bu kurallar ve işleyişlere uygun hale getirmesi ve Medikal Muhasebe işlemlerinin sıklıkla yorum gerektirmesi sebebi ile sektör körlüğünün önlenebilmesi için dış kaynak hizmet alınması gerekmektedir.

Medikal muhasebede hastane bilgi sistemleri tüm işlemlerin kaynağını oluşturmaktadır. Sistemlerin işleyişinde yapılan hatalar sebebiyle işletmenin medikal muhasebe kayıtlarında olumsuz durumlarla karşılaşmasına neden olunmaktadır. Örneğin; Sisteme tanımlanan yanlış bir işlem, yapılan iş için zaman kaybı, faturalandırma hatası, evrakın yanlış eklenmesi, ödemenin geç alınması, hak edişin yanlış yansıması gibi birçok hataya neden olabilmektedir. Burada işlemi yapan kişinin de dikkati çok önemlidir. Bu tür hataların oluşmasını önlemek adına Medikal Muhasebe işlemlerinin yürütülmesinde alanında eğitimli ve deneyimli personellerin haricinde, hatalardan kaçınabilmek adına bir geri besleme sistemine ve işlemlerin iç / dış kontrol mekanizması ile sürekli kontrol edilmesine ihtiyaç duyulmaktadır.